Запустите виртуальную машину, размер которой вы хотите уменьшить.
Выполните дефрагментацию диска и дефрагментацию свободного пространства на диске.
Далее в базовой операционной системе идем в консоль и выполняем следующую команду:

 VBoxManage modifyhd Win7.vdi compact